真言的本質
這段話引自《大日經·入曼荼羅具緣真言品》，是具德的執金剛菩薩在佛前所說的偈頌：
諸佛甚稀有，權智不思議； 離一切戲論，諸佛自然智； 而為世間說，滿足眾希願； 真言相如是，常依於二諦。 ——《大日經》卷二
由此可見，根據《大日經》的觀點，所謂的真言，是諸佛以不可思議的權巧智慧，從遠離一切虛妄不實的自然智慧中流露出來，為了滿足眾生的一切願望，依循真諦和俗諦這兩種真理而向世間宣說的。這就是真言的真實相貌。
有相與無相的方便
從這一點，我們也能體會到《大日經》卷七在總結密法實義時所說的道理：
甚深無相法，劣慧所不堪； 為應彼等故，兼存有相說。 ——《大日經》卷七
因此，所有具有具體形相的教法，都只是為了方便眾生，讓他們能夠趨入究竟無相的法身。這也是佛陀二諦說法的根本宗旨，同時也是龍樹菩薩在《中論》中闡述的觀點：
諸佛依二諦，為眾生說法； 一以世俗諦，二第一義諦。 若人不能知，分別於二諦； 則於深佛法，不知其實義。 若不依俗諦，不得第一義； 不得第一義，則不得涅槃。 ——《中論》
依此來理解，如果將聲音、文字等表達真言的外在形相視為俗諦（世俗層面的真理），而將諸佛所體證的究竟真言密義視為實相第一義諦（絕對究竟的真理），那麼透過俗諦的持誦真言，來趨入實相第一義諦的諸佛內證真言密義，是非常符合道理的。
因此，在《大日經》同篇的《具緣真言品》中，佛陀以偈頌來告訴執金剛秘密主：
真言三昧門，圓滿一切願； 所謂諸如來，不可思議果。 具足眾聖願，真言決定義； 超越於三世，無垢同虛空。
可見，在真言所引導的禪定（三昧）法門中，具有能夠圓滿一切願望，並且獲得如來不可思議殊勝佛果的力量，能使修行者願滿、圓證無上佛果。
真言咒語的定義與別稱
「真言」的語義
真言是梵語 mantra 的音譯，也可以譯作「曼多羅」或「曼荼羅」。它又被稱為陀羅尼、咒、明、神咒、密言、密語、密號等，意思就是真實而不虛假的語言。
在《大日經疏》卷一中解釋道：
真言梵日曼怛羅，即是真語、如語、不忘不異之音。 ——《大日經疏》卷一
在密宗中，真言是身、語、意三密中的語密，因此稱為「真言秘密」。真言有時指佛、菩薩、諸天等的本誓功德或別名；有時則指包含深奧教理的秘密語句，是凡夫和二乘（聲聞、緣覺）所無法了解的。
在中國，一般對真言不進行翻譯，直接運用梵語的音譯，認為念誦、書寫或觀想其文字，就能獲得與真言相應的功德。因此，真言不僅能幫助修行者開悟、即身成佛，也能滿足世間的各種願望。例如，《光明真言》（出自《不空羂索毗盧遮那佛大灌頂光真言經》）能夠消除聽聞者的所有罪障；即使將念誦光明真言加持過的土砂撒在亡者身上或墓上，也能藉此力量消除亡者的罪業，使他們往生西方極樂世界。
「真言」一詞的源流
真言（曼怛羅）一詞的起源，本來代表思維的工具，即文字、語言，特別是指向神靈等發出的神聖語句。念誦曼怛羅的風氣在古印度非常盛行，在《吠陀經》中即可觀察到。然而，在密教文獻中，曼怛羅也被解釋為思維解放，即將人類的思維從生死的束縛中解放出來。
由此可知，曼怛羅並不是密宗獨有的詞彙，而是承襲了古代婆羅門教所用的詞彙。曼多羅有時也譯作「咒」，指真言密咒，又稱神咒、密咒或咒文，是為了息災、增益等目的而誦的密語。
與 類似的梵語詞彙還有 （明）和 （陀羅尼）：
- 在梵文《般若波羅蜜多心經》及梵文《入楞伽經》卷八《陀羅尼品》中，相當於漢譯「咒」字的梵語是 。
- 《孔雀咒王經》的經題是 ，即是將譯為咒。
- 在《法華經》卷七《陀羅尼品》等經中，則將陀羅尼（dharani）譯為咒，其義為總持。
- 梵語 是「明」或「術」的意思；「曼怛羅」則可譯為「真言」。
儘管這些詞語義不同，但自古以來多有混用。《翻譯名義大集》則將陀羅尼譯為總持咒， 譯為明咒，曼怛羅譯作密咒，試圖區分三者。
當然，對於這種混同，也有人不同意。例如唐代一行禪師在其名著中說：
真言梵語曰曼怛羅，即是真語、如語、不忘不異之音。龍樹釋論：謂之秘密號。舊譯雲咒，非正翻也。 ——《大毗盧遮那成佛經疏》卷一
一行禪師認為翻譯為「咒」並非真言的正確翻譯。
各名相的分解
在佛教經典中曾提及真言、陀羅尼、明咒、咒、神咒等詞彙，現將其意義分解說明：
(一) 真言 (mantra)：
主要在彰顯大日如來身、語、意三密中的語密。因為如來的言語真實契合道理，沒有虛妄，所以稱為真言。真言是象徵諸法實相的秘號語言。
在《總持陀羅尼義贊》中，詮釋真言的四種義理：
真者，真如相應；言者，真詮義。四義者：法真言，清淨法界以為真言；義真言者，勝義相應，一一字中有實相義；三摩地真言者，由瑜伽者用此真言，于心鏡智月輪上布列真言文字，專注心不散動，速疾證三摩地故名三摩地真言；文持真言者，從唵字至娑縛賀，於其中間所有文字，一一字皆名為真言。 ——《總持陀羅尼義贊》
因此，「真」代表真如實相的體性，「言」代表真實的詮釋之義。這四義是：法真言、義真言、三摩地真言、文持真言。
其中，「法真言」是以清淨法界為真言；「義真言」是與勝義第一義相應，每一個文字中都有實相的義理；「三摩地真言」是瑜伽行者運用真言，在智慧月輪上觀想文字，專注以速疾證得三摩地；「文持真言」則代表我們一般所見到的，一般的真言,起始字多數是使用「唵」(皈命義)字,有時是用「南無」;而最後多使用「娑縛賀」(圓滿義),其中間則羅列各種真言。因此說從起始到終了的這些文字,都是真言。
由此可見，真言在密法中的意義，已擴大到現前的清淨法界及一切勝義，並涉及觀想，而原本所稱的真言，僅是指第四義的文持真言。
(二) 陀羅尼 (dharani)：
義譯為總持、能遮。指能夠總攝憶持無量佛法而不忘失的念慧之力，或指能使善法不散失、惡法不生起的作用。後世多指長咒。
依據《大智度論》卷五所說：
何以名陀羅尼？雲何陀羅尼？答曰：陀羅尼，秦言能持，或言能遮。能持者：集種種善法，能持令不散不失。譬如完器盛水，水不漏散。能遮者：惡不善根心生，能遮令不生；若欲作惡罪，持令不作，是名陀羅尼。 ——《大智度論》卷五
此外，真言中的每一個字，不論字數多寡，都能總攝任持無量教法義理，持誦者能消除一切障礙，獲得無邊利益。一行禪師說：
真言難思議，觀誦無明除；一字含千裡，即身證法如。 ——一行禪師
這正是「總持」之義。根據《佛地經論》卷五，陀羅尼是一種記憶法，即在一法之中持一切法；在一文之中持一切文；在一義之中持一切義，從而總持無量佛法。
在經論中，陀羅尼有兩種用法：一是指智慧或三昧，以慧為體，攝持佛法使不散失；二是指真言密語（明咒），指其中一字一句具有無量義理，持誦能廣大利益，故名陀羅尼。此外，也有說法將長句稱為陀羅尼，短句稱為真言。
(三) 明咒 (vidya)：
「明」（梵語 ）是「無明」（愚暗）的對稱，指能夠破除愚暗、通達真理的聖者智慧。
在《中阿含》卷五十六《羅摩經》中說：
五比丘，舍此二邊有取中道，成明，成智，成就於定而得自在，趣智，趣覺，趣於涅槃， 八正道。 ——《中阿含》卷五十六《羅摩經》
此處的「明」即是通達真理的聖慧。梵語 意為知識或學問。真言等具有除癡暗、拂障難的功用，是如來不思議智慧的結晶，自體清淨圓明，因此持誦者能消除無明煩惱的黑暗，使身心圓明清淨，所以也稱為明。
《大毗盧遮那成佛經疏》卷十二區分明與真言：
復說一切三世無礙力者，三世無有能破壞者，此明力如是也，破除一切無明煩惱之暗故，名之為明。然明及真言義有差別，若心口出者名真言，從一切身份任運生者，名之為明也。 ——《大毗盧遮那成佛經疏》卷十二
明力是一種三世無礙的力量，能破除一切無明煩惱的黑暗，故稱明。但它們的區別在於：由心生起、口中發出的是真言；而從其他一切身體的支分、動作任運而生的光明力量，則稱之為明。
(四) 咒、神咒：
因為持誦真言能引發神通、消除災患，與世俗的咒禁法有相似之處，故有此名。
《法華經文句》卷十《釋陀羅尼品》中廣解咒義：
眾經開遮不同，或專用治病，如那達居士；或專護法，如此文；或專用滅罪，如方等；或通用治病滅罪護經，如請觀音；或大明咒、無上明咒、無等等明咒，則非治病、非滅罪、非護經；若通方者亦應兼；若論別者幸須依經，勿乖教云云。 ——《法華經文句》卷十
智者大師將咒的功能分為治病、護法、滅罪，或三者通用，或非用以治病、滅罪、護法等不同類型。咒也有善咒（如治病、護身）和惡咒（如咒他人遭受災害）的分別。《藥師如來本願經》等曾言明必須遠離惡咒。
總結來說，真言、陀羅尼、明咒或神咒，雖然名稱互異，但所指涉的對象大略相同，只是著重點略有差異。因此，不空三藏在《總釋陀羅尼義贊》中說：
或有一字真言，乃至二字、三字，乃至百字、千字、萬字，複過此數，乃至無量無邊，皆名陀羅尼、真言、密言、明。若與三密門相應，不暇多劫難行苦行，能轉定業，速疾易成安樂成佛速疾之道。 ——《總釋陀羅尼義贊》
因此，真言等詞彙本質上並沒有太大的區別。
真言與種子字
種子字的意涵
種子字又稱為種字、種子。在密宗裡，是用一個梵文字母來表記佛、菩薩等諸尊的。
種子字是借用植物種子來比喻：植物從種子生長出莖、葉、花、果，種子中具足了全體的精華。同樣地，諸佛菩薩的種子字，也代表了具足諸佛菩薩的心要精華，能夠在法界中，現起佛的無上菩提果（覺悟的果實）。
種子字具有「自一字可生多字，多字可敗於一字」的意涵，總體上有攝持（一字中含藏無量法義）和引生（從一字引生各種功德）兩種意義。
種子字還有了因、生因、本有三種意義：
- 了因： 依種子觀照而了悟佛智，猶如由煙而識知火的體性。
- 生因： 由種子產生三摩耶形等，譬如由穀類等種子可生出根、莖、花、果等。
- 本有： 意謂諸字門具有自性之德，為諸法的根源。
由於有這些意義，因此不限於諸尊，一切的法門都可以建立種子字。
種子字的決定與應用
決定佛、菩薩諸尊的種子字，主要取自梵名或真言的首部，或是取重要的字，或依義理決定。
例如：
- 胎藏界大日如來的種子字是「阿」（a），因為祂的真言是 ，又代表本不生（(anutpada）之意，所以取其首字為代表。
- 文殊菩薩的種子字取自梵號；地藏菩薩的種子字則取自其真言中的一個字。
一個種子字有時也會同時為其他尊所用。例如，阿彌陀佛的種子「紇利」 也是千手觀音的種子；胎藏界大日如來與火天的種子也是同一梵字。
又如，不動明王的種子字有幾種，其中 (hmmarm）字，是火界咒最後二字 （harm唅）、 (mam鍐或𤚥）的相合。在《大日經疏》卷十中說：
唅字呵 (ha) 是行義。又有：阿 (a) 聲，是怖魔障金剛三昧也。点 (m) 即大空也，以大空不動行，大怖一切魔障也。鍐字麼 (ma) 是我義，入阿字門即無我也，又以此大空無我三昧而怖眾魔，以此字亦有阿聲及点聲也。 ——《大日經疏》卷十
這就是以大空無我的禪定（三昧），以堅固清淨菩提心的不動行，來怖畏煩惱業障等障礙之義。
除了個別諸尊的種子外，也有共通於一類諸尊的種子，如忿怒部、星宿諸尊的種子等。
此外，書寫種子的曼荼羅，稱為種子曼荼羅；依諸尊的種子而修習觀行，稱為種子字觀。
